Năm 1966, 44 tỉnh của Việt Nam Cộng hòa được chia thành 241 quận,[39] sau tăng lên 247 quận.[37] Quận trưởng do tỉnh trưởng đề cử và thủ tướng bổ nhiệm.

Dưới quận là xã và thôn. Toàn quốc có 2.589 xã.[40] Tính đến năm 1974 thì chính phủ kiểm soát 2.159 xã.[41] Ngoài Đô thành Sài Gòn ra còn có 10 thị xã tự trị trong đó có Huế, Đà Nẵng, Qui Nhơn, Nha Trang, Cam Ranh, Đà Lạt, Vũng Tàu, Mỹ Tho, Cần Thơ và Rạch Giá.[42] Dưới xã là thôn ấp, tổng cộng có hơn 15.000 đơn vị.[43]

Cấp tổng bị loại bỏ dần kể từ năm 1962.

Việc cai trị ở cấp xã trước kia tự trị thì năm 1956 thời Đệ Nhất Cộng hòa hội đồng xã phải do tỉnh trưởng bổ nhiệm.[44] Sang thời Đệ Nhị Cộng hòa thì việc điều hành ở cấp xã trả lại cho địa phương. Hội đồng xã do cư dân 18 tuổi trở lên bầu ra. Những xã dưới 2.000 dân thì bầu ra hội đồng 6 người. Xã trên 10.000 dân thì được bầu 12 người.[45]